Sequenciamento rápido produz altas taxas de diagnóstico de epilepsia neonatal em genes

NOVA IORQUE – Os primeiros resultados de um estudo genómico multinacional sobre epilepsia infantil revelaram que a sequenciação rápida do genoma completo (WGS) melhorou o rendimento do diagnóstico em relação aos métodos mais comuns, dando esperança àqueles que desejavam que o teste do genoma completo se tornasse um padrão de cuidados para o diagnóstico e desenvolvimento. planos de tratamento para doenças genéticas em recém-nascidos.

Um estudo publicado este mês na Lancet Neurology descreveu o tempo de avaliação do encurtamento genético em serviços de epilepsia pediátrica (Gene-STEPS), o piloto e projeto principal inicial da Parceria Internacional de Precisão para a Saúde Infantil (IPCHiP). O artigo relatou dados sobre as primeiras 100 famílias participantes do Gene-STEPS, representando inscrições para os 12 meses encerrados em 31 de agosto de 2022.

Usando WGS rápido de trios pais-filhos, os médicos foram capazes de diagnosticar epilepsia infantil em 43 dos 100 bebês estudados, perto do rendimento de 48% encontrado em um estudo anterior com sequenciamento não rápido do genoma e muito superior ao que outros pesquisadores alcançaram com microarranjos. painéis genéticos e sequenciamento de exoma.

“Demonstramos a utilidade clínica imediata dos diagnósticos genéticos para bebês e suas famílias na maioria dos casos”, escreveram os autores. “Nossas descobertas fornecem suporte para estimular o uso de testes genômicos rápidos de última geração para facilitar o diagnóstico etiológico precoce que pode informar o manejo direcionado urgente nesta população vulnerável”.

IPCHiP e, por extensão, Gene-STEPS, inclui o Murdoch Children's Research Institute em Melbourne, Austrália, o Hospital for Sick Children (SickKids) com sede em Toronto, no Canadá, o Great Ormond Street Institute of Child Health da University College London no Reino Unido e Boston Hospital Infantil nos EUA.

A coalizão IPCHiP foi formada em 2019. “Desde então, temos procurado aproveitar a experiência e os recursos que temos nesses quatro principais hospitais infantis para tentar avançar em diferentes aspectos dos cuidados pediátricos de precisão”, explicou Gregory Costain, especialista em genética neuropsiquiátrica. especialista da SickKids e coautor do artigo da Lancet Neurology.

Costain disse que o objetivo é fazer do WGS rápido um “teste de primeira linha” para bebês com epilepsia inexplicável. O artigo sugeriu que o Gene-STEPS poderia ser exportado para outras doenças onde a causa não é clara, mas considerada genética.

Todos os quatro locais realizaram sequenciamento em instrumentos Illumina de leitura curta, mas cada instituição poderia escolher diferentes métodos e ferramentas para análise secundária e terciária.

Com o objetivo de eventualmente apoiar o WGS rápido para recém-nascidos em toda a província de Ontário, a SickKids estabeleceu novos protocolos e fluxos de trabalho em seu laboratório de diagnóstico clínico. Costain disse que o SickKids usa o software Dragen da Illumina para análise secundária, incluindo identificação e alinhamento de variantes. Para análise terciária, o hospital recorreu ao aplicativo de interpretação e curadoria de variantes baseado em IA Emedgene, outro produto de propriedade da Illumina.

A Boston Children's terceiriza seu rápido WGS para a empresa GeneDx, sediada em Stamford, Connecticut. Os hospitais na Austrália e no Reino Unido estão a utilizar infraestruturas genómicas nacionais e subnacionais para este estudo.

“Em todos os casos, estávamos a avançar no paradigma ao utilizar o financiamento da investigação para apoiar a sequenciação, porque em nenhum destes quatro locais a sequenciação rápida do genoma seria considerada um teste clínico de rotina para todos estes bebés com epilepsia”, explicou Costain.

Muito ainda precisa acontecer para que o WGS rápido se torne uma parte rotineira da triagem neonatal e dos cuidados pediátricos, como a integração nos fluxos de trabalho clínicos, bem como a educação para os profissionais da linha de frente.

“Como médico geneticista, estou muito empenhado nesta ideia de poder aceder a testes genéticos abrangentes e oportunos para os pacientes”, disse Costain, mas isso exigirá a geração de uma base de evidências que vai além do rendimento diagnóstico.

“Acho que podemos concordar principalmente que o sequenciamento do genoma encontrará mais diagnósticos do que uma abordagem direcionada”, disse ele. “A questão é saber se é rentável e se existem outras consequências a jusante, para melhor ou para pior, das quais precisamos de estar conscientes antes de ser integrado como uma tarefa de saúde”.